Il est originaire d'Ame, village caché du Pays de la Pluie. Il possède une grande connaissance du monde des ninjas, et fait montre d'idées bien arrêtées en matiere de politique, d'économie et d'histoire. Durant son enfance, Pein (qui s'appelait à l'époque Nagato (長門)) avait de long cheveux noirs dont les mèches couvraient les yeux. Tout comme Yahiko et Konan, il est devenu orphelin au cours d'une guerre que faisait le pays de la Pluie, et tous les trois durent vivre seuls. Ils ont rencontré Jiraya qui était en mission à Ame et celui-ci est resté avec eux pour leur apprendre le ninjutsu. Peu après cette rencontre, Yahiko fut attaqué par un ninja d'Iwa, et c'est en allant le défendre que Pein éveilla son Rinnegan, le plus puissant des dôjutsu (le seul à l'avoir possédé jusque là était le précurseur de tout shinobis, le Sage des 6 chemins, créateur du monde ninja. Il ne cesse de développer le rinnegan pendant les 3 années où Jiraya les entraîne lui et ses amis, puis après le départ de celui-ci, ils se débrouillèrent seuls, faisait de temps à autre parler d'eux et des rumeurs couraient comme quoi ils étaient morts.
Aujourd'hui Pein cherche à tuer et conquirir le monde!
Pein marcha vers le repaire de l'akatsuki, et avança vers la porte.
(En attente du Chef ou du Sous-Chef)